Piwniczna leży nad rzeką Poprad, jej obszar rozpościera się od wysokości 357 m (dolina Popradu w rejonie przysiółka Witkowskie) do 1140 m (podszczytowe partie Wielkiego Rogacza) 1182 m. Najwyższe szczyty w obrębie miasta: Eliaszówka 1024 m, Niemcowa 963 m, Granica 715 m, Kicarz 703 m. Przez miasto biegnie linia kolejowa, ze stacją Piwniczna i przystankiem Piwniczna-Zdrój oraz droga krajowa 87 łącząca Nowy Sącz z miejscowym, byłym przejściem granicznym Piwniczna-Mníšek nad Popradom.
Występują tu naturalne lecznicze wody mineralne, znane jako „kwaśne wody”. Są to wody wodorowęglanowo-magnezowo-wapniowo-żelaziste. Charakteryzują się wysoką zawartością jonów magnezowych i wapniowych, wykazując działanie neutralizujące sok żołądkowy, a powstający w wyniku reakcji chlorek wapnia działa przeciwzapalnie. Alkalizacja treści pokarmowej i pobudzanie czynności wydalniczej żołądka przez dwutlenek węgla przyspieszają jego opróżnianie. Działa to korzystnie w leczeniu choroby wrzodowej żołądka i dwunastnicy, nieżycie żołądka i stanach zapalnych jelit. Wspomagają też leczenie cukrzycy i stanów zapalnych trzustki